Classées en 2ème catégorie, les parties canalisées de l’Aulne et de l’Hyères offrent une diversité importante d’espèces de poissons blancs : gardon, ablette, brème…mais également de carnassiers que sont le brochet, la perche ou le sandre. Classés en 1ère catégorie, les nombreux affluents du canal de Nantes à Brest sont encore aujourd’hui de vraies rivières à truites.